La progettazione e l'allestimento del museo si devono alla lungimiranza di Gaetano Filangieri, Principe di Satriano, che nel 1881 avanzò la proposta al Consiglio comunale di allocare le sue raccolte d'arte in quel che restava del celebre Palazzo Como, rara testimonianza architettonica del rinascimento toscano a Napoli, spostato di circa 20 metri allo scopo di scongiurarne l'abbattimento a seguito dei lavori del Risanamento e allinearlo lungo l'arteria di via Duomo. Del quattrocentesco edificio non rimaneva che la splendida facciata in bugnato e i muri laterali, mentre l'invaso era del tutto vuoto e senza copertura. L'offerta risultò molto allettante per il municipio e l'ipotesi di istituire un museo 'civico' era sentita da più parti come necessaria così che nel 1883 cominciarono i lavori di riedificazione e ripristino completamente finanziati dal Principe che terminarono nel 1888. Il 30 settembre del 1943 una squadra di guastatori tedeschi incendiò la villa Montesano di San Paolo Bel Sito dove, per prevenire i danni di guerra, erano stati ricoverati l'anno precedente le opere di maggior pregio del museo insieme ai documenti più preziosi dell'Archivio di Stato di Napoli, allora diretto da Riccardo Filangieri che contemporaneamente ricopriva la carica di direttore del museo. Del patrimonio del museo si salvarono circa quaranta dipinti ed una cassa contenente armi antiche. Nel 1946, il Soprintendente alle gallerie napoletane, Bruno Molajoli, rivolse un appello ai napoletani per reintegrare le raccolte distrutte. Nel 1948 insieme al Museo di San Martino e al Museo Duca di Martina, il Filangieri fu riaperto al pubblico grazie alle generose donazioni di Filippo Perrone, Mario De Ciccio, Salvatore Romano, la Duchessa d'Aosta Elena d'Orléans, Umberto II di Savoia e a depositi temporanei del Museo Capodimonte. La collezione, eterogenea per materiali, vanta più di 3.000 oggetti, di varia provenienza e datazione. Sono raccolti esemplari di arti applicate (maioliche, porcellane, biscuit, avori, armi e armature, medaglie), dipinti e sculture dal XVI al XIX secolo, pastori presepiali del XVIII e XIX secolo ed anche una biblioteca dotata di circa 30.000 volumi ed un archivio storico con documenti dal XIII al XIX secolo. La quadreria raccoglie in special modo dipinti del Seicento napoletano, tra cui opere di Jusepe de Ribera, Luca Giordano, Andrea Vaccaro, Battistello Caracciolo, Mattia Preti.
