Muzeum - Zespół Synagogalny we Włodawie utworzone zostało na podstawie zarządzenia Naczelnika Miasta Włodawa z dnia 10 sierpnia 1981 roku jako samodzielna jednostka. Oficjalne otwarcie muzeum dla zwiedzających nastąpiło 6 lipca 1983 roku. W dniu 18 lutego 1991 roku Rada Miejska I kadencji podjęła uchwałę o przekazaniu Muzeum pod zarząd Wojewody Chełmskiego. Od 1999 roku organem założycielskim MPŁ-W jest Starostwo Powiatowe we Włodawie. Siedzibą Muzeum jest unikalny w Polsce zespół synagogalny po byłej żydowskiej gminie wyznaniowej. Zespół ów tworzą: Wielka Synagoga, Mała Synagoga i Dom Pokahalny. Bet ha-kneset) wzniesiona została w latach 1764-1774, w miejscu pierwotnie drewnianej, ze środków finansowych gminy oraz częściowo z funduszy rodziny Czartoryskich, ówczesnych właścicieli Włodawy. Wymurowana w stylu późnego baroku, pierwotnie jednokondygnacyjna na rzucie prostokąta, w części środkowej podpiwniczona. W II połowie XIX w. częściowo przekształcona, przez dobudowanie nad przedsionkiem drugiej kondygnacji oraz dwóch narożnych alkierzy. Układ architektoniczny, choć typowy dla poszczególnych obiektów synagogalnych, jednak z uwagi na ciekawe rozwiązanie elewacji frontowej, zbliżony do fasad pałacowych. Po obu jej stronach usytuowano parterowe babińce, zwieńczone grzebieniastą attyką. Nad przedsionkiem położony trzeci babiniec, do którego przylegają narożne alkierze podtrzymywane arkadami. Drugim budynkiem jest Mała Synagoga (hebr. Bet ha-midrasz) wybudowana w II połowie XVIII wieku. Informacje o jej istnieniu podają źródła pisane z lat 1782-1786. Od początku budynek pełnił dwie funkcje. Był domem modlitwy oraz miejscem studiów Tory i ksiąg talmudycznych. Stąd jego nazwa Bet ha-midrasz czyli dom studiów i nauki. O jego przeznaczeniu jednoznacznie świadczy skromny zewnętrzny wygląd, jak i prosty układ wnętrza. Nie miał być budynkiem reprezentacyjnym, rolę tę pełniła bowiem Wielka Synagoga. Wybudowanie obiektu (drugiego z kolei) świadczy o nowych potrzebach coraz liczniejszej gminy żydowskiej. Styl, w którym wzniesiono stary Bet ha-midrasz włodawski, odpowiadał typowemu, skromnemu i powszechnie wówczas realizowanemu schematowi budowy małomiasteczkowych bożnic. W myśl jego założeń przedsionek był usytuowany wzdłuż ściany zachodniej, a ponad nim umieszczono modlitewnie dla kobiet. Całość połączoną z salą męską przykrywano wspólnym dachem. Dom Pokahalny czyli nowy Bet ha-midrasz, najmłodszy budynek z całego zespołu, wybudowany został w 1928 roku. W trakcie prac remontowych zostało przebudowane jego wnętrze. Obecnie mieści się w nim administracja, pracownie naukowe muzeum oraz sala wystaw czasowych.
