Музей є історичним продовженням музейницької традиції Львівської Богословської Академії в якій у 1932 р. під керівництвом о.-ректора Йосифа Сліпого було відкрито Музей ЛБА. Надбання цього музею стало вагомим внеском у найбільшу збірку українського сакрального мистецтва – Національний музей у Львові ім. митрополита Андрея Шептицького. Сучасна історія Музею розпочинається в 1997 році із заснування у Львівській Богословській Академії Музею Йосифа Сліпого на основі тематичної філателістичної збірки, подарованої доктором Романом Смиком. З цього часу музейна кімната функціонує в адміністративному корпусі УКУ по вул. І. Свєнціцького, 17. 26 грудня 2012 р. рішенням ректорату Університету створено робочу групу для розробки концепції розвитку музейної справи (Наказ ректора УКУ № 186-0 від 26.12. 2012 р.). 14 січня 2013 р. ректором УКУ владикою доктором Борисом Ґудзяком та відомим львівським колекціонером Іваном Гречком підписано Договір дарування, згідно з яким колекція, зібрана Іваном Гречком стала надбанням УКУ. 15 лютого 2013 року на свято Стрітення Господнього в приміщенні філософсько-богословського факультету УКУ по вул. Хуторівка, 35а відбулося урочисте відкриття Музею, основою якого стала збірка покутських ікон на склі ХІХ та інших предметів сакрального і народного мистецтва з подарованої Іваном Горечком колекції.
