การจัดแสดงมีที่ชั้นล่างของอาคารแบ่งการจัดแสดงเป็นส่วนต่างๆ ดังนี้
๑.ห้องประวัติศาสตร์และโบราณคดีภาคตะวันออก
เรียนรู้ประวัติศาสตร์และโบราณคดีในภาคตะวันออก ด้วยสภาพภูมิประเทศที่อุดมสมบูรณ์ ทำให้เหมาะแก่การตั้งถิ่นฐานของชุมชน ดังปรากฏหลักฐานทางโบราณคดีตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์จนถึงสมัยประวัติศาสตร์ พร้อมชมวีดิทัศน์ “ร่องรอยวัฒนธรรมลุ่มน้ำบางปะกงและภูมิภาคตะวันออก”
๒.ห้องชุมชนโบราณในภาคตะวันออก
จัดแสดงเนื้อหาเกี่ยวกับชุมชนโบราณสมัยก่อนประวัติศาสตร์ในภูมิภาคตะวันออกที่สำคัญ ได้แก่ ชุมชนโคกพนมดี ราว ๓,๕๐๐ – ๔,๐๐๐ ปีมาแล้ว และชุมชนหนองโน ราว ๒,๗๐๐ – ๔,๕๐๐ ปีมาแล้ว ผ่านหลุมศพจำลองเจ้าแม่โคกพนมดีและโบราณวัตถุที่พบจากแหล่งโบราณคดีโคกพนมดีและหนองโน จังหวัดชลบุรี
๓.ห้องพัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณในภาคตะวันออก
จัดแสดงพัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณในภาคตะวันออก เริ่มต้นจากความสัมพันธ์กับดินแดนโพ้นทะเล เข้าสู่ช่วงรับวัฒนธรรมทวารวดีและวัฒนธรรมเขมรโบราณในภาคตะวันออก โบราณวัตถุชิ้นสำคัญที่พบในภาคตะวันออก ได้แก่ ทับหลังจากปราสาทเขาน้อยสีชมพู ทับหลังจากปราสาทสด๊กก็อกธม รวมถึงจารึกที่พบจากปราสาททั้ง ๒ แห่งดังกล่าว
๔.ห้องวัฒนธรรมลุ่มแม่น้ำบางปะกง
จัดแสดงเรื่องราวของชุมชนในบริเวณลุ่มแม่น้ำบางปะกง ตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์จนเข้าสู่วัฒนธรรมทวารวดี ผ่านผนังสื่อมัลติมีเดียโปรเจคเตอร์ทัชที่ทุกท่านสามารถสัมผัสเพื่อรับชมเนื้อหา
๕.ห้องเมืองศรีมโหสถ นครรัฐแรกเริ่มแห่งลุ่มน้ำบางปะกง
เมืองโบราณศรีมโหสถกำเนิดขึ้นร่วมสมัยกับอาณาจักรฟูนันตอนปลายและพัฒนาเข้าสู่วัฒนธรรมทวารวดีในพุทธศตวรรษที่ ๑๒ – ๑๖ ก่อนที่วัฒนธรรมเขมรจะเข้ามาในราวพุทธศตวรรษที่ ๑๗ – ๑๘ พบโบราณวัตถุชิ้นสำคัญ ได้แก่ พระคเณศ พระวิษณุจตุรภุช พระพุทธรูปปางสมาธิ รวมถึงเครื่องสำริดประกอบพิธีกรรมที่มีจารึกภาษาเขมรกล่าวถึงพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗
