มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ได้ตั้งโครงการจัดตั้งศูนย์การศึกษาเกี่ยวกับภาคใต้ที่
วิทยาเขตปัตตานี เพื่อศึกษา ค้นคว้า วิจัย ส่งเสริมสนับสนุน อนุรักษ์และเผยแพร่ศิลปะและ
วัฒนธรรมมาตั้งแต่แผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 4 (พ.ศ. 2520-2524) ต่อมาได้ปรับโครงสร้างและเปลี่ยนชื่อเป็น “โครงการจัดตั้งสถาบันศิลปวัฒนธรรม” และทบวงมหาวิทยาลัยได้เห็นชอบให้บรรจุโครงการจัดตั้งสถาบันศิลปวัฒนธรรมไว้ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 7 (พ.ศ. 2535-2539) โดยรวมเนื้องานเดิมของโครงการจัดตั้งศูนย์การศึกษาเกี่ยวกับภาคใต้ วิทยาเขตปัตตานี และโครงการจัดตั้งศูนย์ส่งเสริมศิลปะและวัฒนธรรม วิทยาเขตหาดใหญ่
ไว้ด้วยกันและเปลี่ยนชื่อจาก “สถาบันศิลปวัฒนธรรม” เป็น “สถาบันศิลปะและวัฒนธรรม” เพื่อให้ชื่อหน่วยงานสื่อให้เห็นภารกิจที่ชัดเจนและครอบคลุมกว่า ในปี พ.ศ. 2542 มหาวิทยาลัยจึงได้ขอจัดตั้ง “สถาบันวัฒนธรรมศึกษา” ให้เป็นหน่วยงานเทียบเท่าคณะ โดยมีหน่วยงานหลักที่วิทยาเขตปัตตานีและมีหน่วยงานย่อยในวิทยาเขตต่าง ๆ
ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 8 มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
วิทยาเขตปัตตานี ได้เสนอโครงการจัดตั้งสถาบันกัลยาณิวัฒนาเพื่อการศึกษาภาษาและวัฒนธรรมสัมพันธ์ขึ้น เนื่องในวโรกาสที่สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาส
ราชนครินทร์ ทรงได้รับพระราชทานพระอิสริยศักดิ์เป็นเจ้าฟ้าต่างกรมฝ่ายใน โดยมีวัตถุประสงค์ให้สถาบันฯ เป็นที่ศึกษาวิจัยภาษา วัฒนธรรม ความสัมพันธ์ระหว่างวัฒนธรรมและจัดทำศูนย์ข้อมูลเพื่อให้บริการ ต่อมาด้วยภาวะเศรษฐกิจถดถอย การจัดตั้งหน่วยงานต่าง ๆ ของรัฐถูกชะลอไปและรัฐบาลมีนโยบายให้ยุบรวมหน่วยงานที่มีลักษณะเหมือนกันหรือใกล้เคียงกันเข้าด้วยกัน มหาวิทยาลัยเห็นว่าสถาบันกัลยาณิวัฒนาเพื่อการศึกษาภาษาและวัฒนธรรมสัมพันธ์มีลักษณะงานใกล้เคียงกับสถาบันวัฒนธรรมศึกษา จึงเห็นสมควรรวมกันเป็นหน่วยงานเดียว จึงได้นำความกราบบังคมทูลสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนาฯ เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2543 สมเด็จ
พระเจ้าพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนาฯ ทรงพระวินิจฉัยให้ใช้ชื่อว่า “สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา”
ในคราวประชุมครั้งที่ 254 (4/2545) เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2545 และครั้งที่ 255 (5/2545) เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2545 สภามหาวิทยาลัยมีมติให้ประกาศจัดตั้งสถาบัน
วัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนาเป็นหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
