ในวาระมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษาครบ ๕ รอบสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๕ รัฐบาลสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณ ที่ล้นเกล้าฯ ทรงมีต่อพสกนิกรและประเทศชาติโดยเฉพาะที่ทรงเป็นผู้นำในการใช้วิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี เพื่อพัฒนาอาชีพ และชีวิตความเป็นอยู่ของประชาชน ฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติ และสิ่งแวดล้อมตลอดจนการอนุรักษ์ศิลปวัฒนธรรมของไทยในท้องถิ่นชนบทที่ห่างไกลมาอย่างต่อเนื่องด้วยความวิริยะ อุตสาหะจนบังเกิดผลสำเร็จอย่างเป็นรูปธรรมชัดเจน เป็นที่ชื่นชมยกย่องของปวงชนทั้งในประเทศ และต่างประเทศ พระราชกรณียกิจของพระองค์ท่านดังกล่าว ได้กระตุ้น และชักนำให้สังคมไทยตื่นตัวในด้านการศึกษาวิจัย พัฒนา ใช้วิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยีในชีวิตประจำวัน การผสมผสานระหว่างเทคโนโลยีดั้งเดิมกับเทคโนโลยีสมัยใหม่ในการพัฒนาอาชีพ อันส่งผลต่อการยกระดับสภาพความเป็นอยู่ของประชาชน และการพัฒนาประเทศอย่างมีประสิทธิภาพ จึงได้ดำเนินโครงการ “พิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์” เพื่อเฉลิมพระเกียรติ เริ่มดำเนินการตั้งแต่ปี ๒๕๓๕ ต่อมาในปี ๒๕๓๘ คณะรัฐมนตรีได้จัดตั้ง องค์การพิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ (อพวช.) ขึ้น มีฐานะเป็นรัฐวิสาหกิจสังกัด กระทรวงวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และสิ่งแวดล้อม ปัจจุบันเปลี่ยนชื่อเป็นกระทรวงวิทยาศาสตร์ เพื่อให้เป็นหน่วยงานบริหารจัดการพิพิธภัณฑ์ ดังกล่าว
องค์การพิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ (อพวช.) ได้ดำเนินการพัฒนา “พิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์” ซึ่งตั้งอยู่ ณ เทคโนธานี ถนนเลียบคลองห้า ตำบลคลองห้า อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานี มาจนแล้วเสร็จสมบูรณ์ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จฯแทนพระองค์ ทรงพิธีเปิดพิพิธภัณฑ์วันที่ ๘ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๓ และได้เปิดให้บริการแก่ประชาชนเข้าชมอย่างเป็นทางการ นับตั้งแต่วันที่ ๙ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๓ เป็นต้นมา
อาคารพิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์ได้รับการออกแบบและก่อสร้างใน รูปทรงเรขาคณิตที่น่าทึ่ง สะท้อนให้เห็นถึงความก้าวหน้าของเทคโนโลยีในการก่อสร้างอันเป็น จุดดึงดูดความสนใจของผู้ที่ได้พบเห็นตัวอาคารมีลักษณะเป็นรูปสี่เหลี่ยมลูกบาศก์ 3 ลูก แต่ละลูกมีขนาด 20*20*20 เมตรวางพิงกันเพื่อพยุงและเฉลี่ยการรับน้ำหนักของกันและกัน ทำให้เกิดความสมดุลในการทรงตัวโดยมีรากฐานในการรับน้ำหนักของตึกตรงบริเวณมุมแหลมของรูปสี่เหลี่ยมลูกบาศก์ทั้ง 3 ลูกโดยจุดรับน้ำหนักแต่ละจุดสามารถรับน้ำหนักได้ถีง 200 ตันโครงสร้างทั้งหมดประกอบด้วยโครงเหล็กเพื่อเสริมด้านความแข็งแรงของอาคารโดยเฉพาะ ในส่วนของลูกบาศก์มีโครงสร้างเป็นโครงเหล็กถักแบ่งเป็น 6 ชั้น มีความสูงประมาณ 45 เมตร หรือเท่ากับอาคาร 12 ชั้นมีพื้นที่จัดแสดงนิทรรศการภายใน ประมาณ10000ตารางเมตรนอกจากนั้นผนังภายนอกอาคารยังกรุด้วยแผ่นเหล็กเคลือบเซรามิค (Ceramic steel) ซึ่งมีลักษณะผิวภายนอกที่ดูแลรักษาได้ง่ายและไม่ต้องทาสีตลอด อายุการใช้งานประกอบกับลักษณะพื้นผิวที่สะท้อนแสงและการติดตั้งที่มีความลาดเอียง จึงสะท้อนความร้อนได้มากช่วยให้ประหยัดพลังงานในการปรับอุณหภูมิภายในได้เป็นอย่าง ดีภายในอาคารมีการติดตั้งระบบควบคุม อุณหภูมิระบบป้องกันอัคคีภัยที่ได้มาตรฐาน ทั้งระบบตรวจจับควันไฟ (Smoke Detector) และระบบฉีดน้ำอัตโนมัติ(Sprinkle)ตลอดจนมีการจัดระบบการอำนวยความสะดวกในการเดินชมนิทรรศการภายในอาคารทั้งสำหรับผู้ชมทั่วไปและผู้ทุพลภาพจึงนับได้ว่านอกจากจะเป็นอาคารที่มีรูปทรงดึงดูดใจแล้วยังเป็นอาคารที่ทันสมัยที่สุดแห่งหนึ่งในประเทศไทยอีกด้วย
