Em 2000, a Câmara Municipal de Lisboa adquiriu um antigo armazém na Rua do Vale, na freguesia das Mercês, inicialmente destinado a ser o atelier do artista. A ideia de atelier tornou-se de tal modo fundadora no âmbito do projecto que ainda hoje figura no nome do equipamento que aí veio a ser criado – Atelier-Museu. A obra de requalificação prolongou-se por vários anos e, em 2010, foi decidido, em
conjunto com o artista, transformar o edifício num Museu, passando este a integrar a rede de estruturas museológicas do município. Considerando que se destinava a ser um espaço público com valência no campo das artes, tornou-se necessário adaptar o edifício ao novo propósito e dotá-lo dos apetrechos necessários ao pleno funcionamento do museu, ficando o projecto de remodelação do espaço a cargo do arquitecto Álvaro Siza Vieira. De recorte austero e linhas depuradas, integrando-se discretamente na malha arquitectónica do bairro, o edifício, composto por dois pisos, apresenta um corpo central de área expositiva, duas reservas, zonas de serviço, escritório e recepção, escondendo um pátio exterior em seu redor por onde é feito o acesso dos visitantes. Dispõe ainda de um conjunto de equipamentos de auditório, com meios audiovisuais e capacidade para 60 lugares sentados, adaptável ao espaço e a cada situação pontual, permitindo a realização de conferências, lançamento de livros/catálogos e o acolhimento de outros eventos. O Atelier-Museu Júlio Pomar conta com um acervo de várias centenas de obras, doadas pelo artista à Fundação Júlio Pomar e depositadas por esta no Atelier-Museu, ou adquiridas pela instituição ao longo dos seus anos de atividade, com o intuito de ampliar as possibilidades de abordagem e compreensão da obra deste artista, seminal para a história da arte portuguesa. A relevância deste acervo inclui pintura, escultura, desenho, gravura, cerâmica, colagens e "assemblage".
