Zostało ono utworzone przez Oddział Kujawski Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego w 1908 r. , a jego uroczyste otwarcie nastąpiło w 1909 roku. Zostało ono utworzone przez Oddział Kujawski Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego, na podstawie uchwały jego Zarządu z dnia 2 czerwca 1908 r. Uroczyste otwarcie Muzeum Kujawskiego (bo taką nazwę pierwotnie nosiło) nastąpiło w dniu 14 marca 1909 r. Podstawą
zbiorów stały się eksponaty Muzeum Szkolnego Macierzy Polskiej oraz oddana w depozyt kolekcja Towarzystwa Biblioteki i Czytelni Adama Mickiewicza we Włocławku. W styczniu 1910 r. powołano komitet do zorganizowania "Wystawy Etnograficzno- Artystycznej". Rozpoczęto gromadzenie zabytków kultury ludowej w celu rekonstrukcji modelowej chaty kujawskiej, która miała być najważniejszym elementem ekspozycji. Wystawę otwarto w dniu 14 maja 1911 r. Głównym jej koordynatorem był kustosz Cyprian Apanowicz, któremu udało się zaprezentować 887 eksponatów ! Skromne warunki lokalowe i coraz większa liczba gromadzonych zabytków doprowadziły do powołania w roku 1925 Komitetu Budowy gmachu Muzeum Ziemi Kujawskiej. Budynek wzniesiony przy ul. Słowackiego 1a został otwarty w dniu 7 grudnia 1930 r. Z okazji otwarcia wydany został pierwszy przewodnik po Muzeum Kujawskim autorstwa kustosza Szymona Rajcy. Oprócz stałej ekspozycji etnograficznej do 1939 r. zaprezentowano w nim kilkanaście wystaw czasowych, głównie o charakterze artystycznym. Zgromadzone w tym okresie eksponaty w większości zostały stracone w okresie okupacji hitlerowskiej. W 1945 r. reaktywowano działalność Muzeum Kujawskego i przystąpiono energicznie do uzupełniania strat wojennych. Dzięki zaangażowaniu Henryki Królikowskiej, kierownika muzeum w latach 1945-1965, udało się nie tylko odbudować przedwojenną pozycję instytucji, ale stworzyć podstawy jej dynamicznego rozwoju. Do 1972 r. jedyną siedzibą muzeum był gmach główny przy ul. Słowackiego. Inicjatywą H. Królikowskiej było pozyskanie na cele muzealne XVIII-wiecznych kamienic przy Starym Rynku. W 1972 r. otwarto w nich Muzeum Historii Włocławka. W wyniku nowego podziału administracyjnego w 1975 r. Muzeum Kujawskie przekształcono w Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej, które objęło swym zasięgiem teren nowo utworzonego województwa włocławskiego. W latach 80-tych XX w. nastąpił dalszy rozwój bazy lokalowej muzeum. W 1983 r. zostało otwarte Muzeum im. Stanisława Noakowskiego w Nieszawie, które jest oddziałem Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej. Dynamiczne powiększanie zbiorów muzealnych zrodziło potrzebę pozyskania nowych powierzchni magazynowych i ekspozycyjnych dla działów etnografi i sztuki. Wiązało się to z koniecznością restauracji i adaptacji trzech zabytkowych spichlerzy zbożowych we Włocławku. W 1986 r. w spichlerzu przy ul. Bulwary 6, nastąpiło otwarcie Muzeum Etnograficznego. Jednocześnie trwała konserwacja i adaptacja największego włocławskiego spichlerza przy ul. Zamczej 10/12. W 80-tą rocznicę powstania włocławskiego muzeum, w dniu 14 marca 1989 r. budynek ten został otwarty pod nazwą Zbiory Sztuki. W tym samym czasie muzeum pozyskało na cele magazynowe spichlerz przy ul. Bulwary 9. Powstanie kolejnego oddziału Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej wynikało z potrzeby ratowania zabytkowego budownictwa ludowego. Po wieloletnich pracach udostępniono w 1993 r. dla zwiedzających Kujawsko-Dobrzyński Park Etnograficzny w Kłóbce k. Lubienia. Od tego czasu skansen jest systematycznie rozbudowywany i docelowo ma obejmować 40 budowli typowych dla wiejskiej architektury Kujaw i ziemi dobrzyńskiej.
