Obecnie pracownie mieszczą się w zabytkowej XIV-wiecznej Bramy Młyńskiej. Aktualnie w Dziale Konserwatorskim pracuje sześć osób, są to konserwatorzy i renowatorzy różnych specjalności: konserwacja malarstwa i drewna polichromowanego, konserwacja papieru, profilaktyka konserwatorska, konserwacja drewna, konserwacja metalu. Pierwszym kierownikiem Działu Konserwatorskiego był Stefan Wójcik (do 2000
r.), potem Wanda Szpilewska (do 2007r.), obecnie Dorota Szymczak. Do głównych zadań Działu Konserwatorskiego należy konserwacja muzealiów i opieka nad zbiorami. Prace konserwatorskie, tj. pełne konserwacje, zabiegi konserwatorskie, działania interwencyjne, dezynsekcje i dezynfekcje wykonywane były początkowo na potrzeby siedziby w Słupsku oraz Muzeum w Klukach (oddział), a od 2008r. również nowego oddziału w Swołowie. Obejmują one swoim zasięgiem konserwację malarstwa, rzeźby, obiektów drewnianych, metalowych i na podłożu papierowym. Lata działalności pracowni to tysiące zakonserwowanych obiektów (w tym gotyckie i barokowe rzeźby polichromowane, epitafia, obrazy ze zbiorów sztuki dawnej i współczesnej; meble – szafy, kredensy, krzesła, skrzynie, ławy; obiekty papierowe – grafiki, akwarele, dokumenty; obiekty metalowe – świeczniki, tablice, narzędzia oraz szeroka gama muzealiów typowo etnograficznych – stągwie, cierlice, ościenie itp.). Program prac jest bardzo zindywidualizowany, najczęściej jednak obiekty wymagają mechanicznego oraz chemicznego oczyszczenia, konsolidacji oryginalnych warstw, wzmocnienia struktury, uzupełnienia ubytków, rekonstrukcji bądź scalenia kolorystycznego, zabezpieczenia powierzchni. Prace często poprzedzone są dezynsekcją lub dezynfekcją. Ważnym zadaniem Działu Konserwatorskiego była i jest profilaktyka konserwatorska, czyli konserwacja zapobiegawcza. Od lat sale ekspozycyjne i magazyny regularnie monitorowane są pod kątem temperatury, wilgotności oraz oświetlenia. Wykonywane są przeglądy i opinie konserwatorskie wypożyczanych obiektów. Dokonuje się doboru właściwych materiałów do przechowywania i transportu obiektów. Na bieżąco prowadzone są dokumentacje konserwatorskie. Podejmowana jest również działalność naukowa. Głównym celem planowanym na najbliższe lata jest unowocześnienie i rozwój pracowni konserwatorskich. Wraz z adaptacją spichlerzy, w ramach programu „Zarzecze muzealne”, powiększona zostanie dotychczasowa baza lokalowa Działu Konserwatorskiego. W Czerwonym Spichlerzu znajdą się m.in. magazyny obiektów skażonych, pracownia dezynsekcyjna i dezynfekcyjna, pomieszczenie do prac brudnych, pracownia impregnacyjna i laboratorium badawcze. Umożliwi to prowadzenie prac konserwatorskich zgodnie ze współcześnie obowiązującymi standardami.
