Muzeum w Ostródzie jest samodzielną instytucją kultury powołaną 20 września 2000 roku na bazie istniejącej wcześniej Agencji Ochrony Dóbr Kultury - Izba Muzealna. Obecne położenie miasta na przecięciu dwóch szlaków wiodących z południa
z Warszawy do Gdańska i z zachodu w głąb północno-wschodniej Polski powoduje, że miasto jest ważnym miejscem na mapie regionu. Położone u ujścia rzeki Drwęcy do Jeziora Drwęckiego posiada rozbudowaną bazę turystyczną i jest popularnym miejscem wypoczynku. Jest też Ostróda centrum gospodarczo-społecznym, edukacyjnym i kulturalnym dla tej części Mazur. Powstanie muzeum miejskiego stało się więc naturalną potrzebą. Utworzenie tego rodzaju placówki nie było ideą zupełnie nową. W okresie międzywojennym przy ówczesnym gimnazjum funkcjonowała w mieście spora izba muzealna, której początków należy szukać w zbiorach gromadzonych przez nauczyciela historii Emila Schnippela jeszcze przed I wojną światową. 12 września 1927 roku powołano do życia Stowarzyszenie na Rzecz Muzeum Regionalnego w Ostródzie. Ruszyły przygotowania do założenia muzeum, którego dość bogate zbiory znalazly swoje miejsce przy ówczesnym gimnazjum. II wojna światowa spowodowała rozproszenie zbiorów, niewielkie ich resztki zdołano zachować do dzisiaj. Część z nich znajduje się obecnie w zbiorach Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie. Instytucja ta, pełniąca po wojnie rolę muzeum okręgowego, posiada w swoich zbiorach spore ilości muzealiów pochodzących również z późniejszych prac archeologicznych prowadzonych w Ostródzie w ruinach zamku, staromiejskiego ratusza i na terenie powiatu ostródzkiego. Znaleziska te, pochodzące z różnych okresów historycznych: od pierwszych osad neolitycznych, przez średniowieczną ceramikę i broń do nowożytnych obiektów, stały się później podstawą do stworzenia w Ostródzie ekspozycji prezentującej historię miasta i regionu. Przystąpiono do tego, kiedy oddawano do użytku sale odbudowywanego ostródzkiego zamku. Nastąpiło to w 1997 roku, wtedy też powstało Stowarzyszenie na Rzecz Muzeum Regionalnego w Ostródzie, którego zadaniem było formalne przygotowanie powstania instytucji. Pełnomocnikiem tegoż stowarzyszenia został p. Po jego odejściu kierownikiem agencji zajmującej się dziedzictwem kulturowym został p. On też doprowadził do prawnego powstania muzeum. W działania te zaangażowanych było zresztą wiele innych osób. Ich pomoc była bardzo istotna, ponieważ stworzyła dla tej inicjatywy bardzo potrzebny, odpowiedni klimat społeczny. Siedzibą muzeum stał się XIV-wieczny zamek pokrzyżacki. Spełnia ono rolę muzeum historycznego miasta i regionu ostródzkiego, posiada w swoich zbiorach obiekty pochodzące z wykopalisk archeologicznych, przedmioty użytkowe i pamiątki związane
z życiem mieszkańców i ważnych postaci związanych z historią miasta.
