Założone w 1864 roku pruskie Das Städtische Museum zrujnowały wydarzenia II wojny światowej. Tradycję kolekcjonowania zbiorów przywrócono w 1954 roku już w granicach polskich. Gromadzone od 150 lat zbiory można podziwiać w dwóch historycznych budynkach, w przeszłości będących częścią krzyżackiego podzamcza. Budynek wschodni Podzamcza, zmodernizowany w 2014 roku w ramach unijnego programu Museums over the Borders, prezentuje dziś zwiedzającym film holograficzny oraz 3 wystawy stałe:
Historie ponad granicami - film holograficzny przedstawiający w ultranowoczesnej, atrakcyjnej i uniwersalnej formie dwa tysiące lat historii i przemian kulturowych południowo-wschodniego pobrzeża Bałtyku. Elbląg Reconditus - 700-letnia historia miasta, przerwana brutalnie w 1945 roku, mozolnie odtwarzana na podstawie wieloletnich badań archeologicznych. Przypomina skalę zniszczeń, jakie dotknęły miasto oraz jego siłę do podniesienia się z upadku. Historia w twarzach, twarze historii – wystawa oparta na cyklu filmowych wywiadów z byłymi mieszkańcami Elbląga. Opowieści, dokumenty, przedmioty i fotografie przedstawiają obraz przedwojennego świata widzianego oczami dzieci. Znad Bałtyku do Rzymu – Wystawa bazuje na unikatowym zbiorze zabytków pochodzących z Weklic - jednego z najlepiej poznanych cmentarzysk kultury wielbarskiej w Polsce, gdzie odkryto dotąd ponad 600 różnego rodzaju pochówków. Z tysięcy wydobytych obiektów wybrano te najciekawsze - w tym pozyskane w ostatnich latach i nie prezentowane nigdy wcześniej. Obrazują one zaradność i zasobność dawnych mieszkańców naszych terenów, bogactwo regionu oraz dowodzą, że nie był on tylko obrzeżem starożytnego świata. Zachodni budynek kompleksu muzealnego nazwę Gimnazjum zawdzięcza założonej w 1535 roku szkole humanistycznej. W budynku znajdują się między innymi wystawy elbląskiego rzemiosła, militariów, o osadnictwie na Żuławach.
