Estas culturas están representadas en una exhibición permanente que consta de una colección de estatuas, pinturas, joyería, artefactos y máscaras. La exposición muestra a las primeras culturas que se establecieron en México, sus tradiciones, creencias, artesanía y avances en las diferentes ciencias que dominaron antes de la llegada de las culturas de Europa. Cuenta con las siguientes salas:
Sala
Amarilla.- Más de 600 ejemplares de coral y conchas, junto con una pequeña colección de cactus y suculentas, que en su conjunto representan el clima y suelo de Baja California. Sala Azul.- Introducción a la civilización madre, la olmeca, en donde se mencionan sus avances en el calendario, la noción del cero y el juego de pelota, así como su tipo de arte; la Cultura del Pacífico o chinoides, sus actividades diarias, su influencia oriental, y su religión; y por último, una introducción a la cultura azteca, con una pintura de la Gran Tenochtitlán, en la que se explican los usos y costumbres en la capital azteca, y su devastación con la conquista de Hernán Cortés. Sala Rosa.- Espacio dedicado a la cultura maya. Se mencionan las ciencias que dominaron, sus ruinas, el fenómeno del descenso de Kukulkán, una máscara del rey Pakal, el mito de su muerte, su sistema de enseñanza, una copia del Códice Dresde, del cual se muestra el sistema numérico. Aquí se encuentran algunos artículos de los huicholes de Nayarit y una vitrina con piezas de los aztecas. Sala Morada.- Se presenta la última civilización, los zapotecas. Se muestran joyas de oro y piedras preciosas, urnas funerarias y esculturas. En esta misma sala se encuentra una colección de 60 máscaras de diferentes materiales. Sala de la Nueva España.- Espacio dedicado a la influencia de España después de la Conquista, las misiones de cristiandad, el cambio en la religión, el arte, la literatura, y la fusión de tradiciones y cultura que se generó. Sala Verde.- Dedicada a Ensenada, con pinturas de las misiones, fósiles marinos, huesos de ballena y de mamut encontrados en Baja California. Una colección de fotos antiguas de los primeros pobladores de Ensenada, desde su fundación el 15 de mayo de 1882. Artefactos y artesanía de las culturas nativas de la región, y reproducciones de los códices El Tonalámatl, libro de los días y del destino (azteca); Boturini (azteca), y una copia del Nuttall (mexica).
