El edificio que alberga al museo es la construcción pública civil más antigua del estado de Baja California, 1886; fue realizado, a diferencia de la gran mayoría de las construcciones antiguas de Ensenada, a base de adobes. El edificio ha sido cuartel militar, hospital, escuela y cárcel. Es el único museo en el área de la costa de Baja California a través del cual se fomenta, de manera estratégica, la preservación del patrimonio nacional de la región; con información apoyada en las investigaciones de los proyectos que se han desarrollado en la región por parte de especialistas adscritos al Centro INAH Baja California. Tiene cuatro áreas de exhibición; el patio central se utiliza para eventos y exposiciones. Durante una estancia en Ensenada debe visitarse porque es un monumento histórico, y sus colecciones son una muestra representativa de la cultura de la región. La monumentalidad de los objetos exhibidos reside en su datación, manufactura y materiales; algunos de ellos con una antigüedad de ocho a nueve mil años, según estimación de los análisis de los arqueólogos. Historia
En 1886 dio inicio su construcción de una sola planta con el objeto de alojar las oficinas del Juzgado de Primera Instancia y de la Subprefectura Política del Partido Norte. Al siguiente año se empezó a construir el segundo piso, las aspilleras y los torreones; en abril de 1888, el general Luis E. El edificio ha sufrido varias modificaciones a través del tiempo. En 1888, se desocuparon las oficinas del juzgado y fueron ocupadas por el cuartel y la cárcel; en ese tiempo, se efectuaron mejoras y se construyeron dormitorios para los soldados en el ala derecha. Posteriormente funcionó también como hospital. Tiempo después, además de funcionar como hospital, también hubo una escuela en 1899, sin dejar de fungir como cuartel y cárcel. Durante la Segunda Guerra Mundial fue utilizado como cuartel de artillería e infantería por parte de la Secretaría de Marina. En adelante, continuó funcionando como cárcel pública municipal. El Gobierno del Estado expropió el inmueble el 10 de noviembre de 1991, cediéndolo al Instituto Nacional de Antropología e Historia, a través de su Centro en Baja California. Después de un largo litigio, se confirmó la expropiación en octubre de 1993, y el día 26 de noviembre de este mismo año, se efectuó la apertura de este monumento histórico, rescatado para convertirlo en el Museo Histórico Regional de Ensenada. El 15 de mayo de 1995, presidente municipal de Ensenada Óscar Sánchez del Palacio inauguró la primera exposición permanente del museo dentro de las festividades del aniversario de la ciudad: “Pueblo y Culturas del México Antiguo”. A partir de entonces funciona como museo.
