Istituito nel 1989 nel settecentesco Palazzo San Francesco, ospita una ricca sezione archeologica, la pinacoteca "L. Il MAT ha sede nell’antico complesso dei francescani conventuali, intitolato con l’omonima chiesa annessa, a san Francesco d’Assisi. La prima fondazione risale al 1232, ma diversi furono nel corso degli anni i rimaneggiamenti: gli interventi più significativi seguirono i danni causati dal terremot del 1627, e lunga fu la ricostruzione, terminata solo a fine XVII secolo; un’ulteriore fase di restauri si ebbe tra il 1728 e il 1746, per opera del Regio Amministratore Michele Giarniero. Nel 1809 l’Ordine religioso fu soppresso e il convento divenne la sede dell’Orfanotrofio cittadino diretto dalla Congregazione di Carità. Nel XX secolo l’edificio fu ancora interessato da rifacimenti. L'attuale allestimento è stato inaugurato nel 2009. La Pinacoteca dedicata a Luigi Schingo (San Severo, 4 marzo 1891-2 marzo 1976) è stata inaugurata il 3 aprile 2006 all’interno del MAT, grazie a donazioni di privati cittadini, e raccoglie circa quaranta opere tra dipinti, disegni e sculture. Il centro di documentazione SPLASH Archivio 'Andrea Pazienza' è stato inaugurato nell'aprile 2015 ed è un centro di raccolta di pubblicazioni, articoli giornalistici, materiale multimediale, fotografie, riviste di settore, riproduzioni di disegni, tesi di laurea, rassegne stampa e documenti vari riguardanti il noto fumettista di origini pugliesi. L'archivio è a disposizione di tutti coloro che vogliono consultare tali documenti per motivi di studio ed è un punto di riferimento sul territorio per professionisti e amanti del fumetto. Oltre ad attività di consulenza, grazie alla sezione SPLASH, il MAT organizza attività e eventi legati al mondo del Fumetto (convegni, dibattiti, mostre, iniziative didattiche, presentazioni di libri, proiezioni, workshop, ecc).
