Το Μουσείο ιδρύθηκε ως αυτοτελές τμήμα του Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης, ωστόσο το 2003 αποδεσμεύτηκε από το Φεστιβάλ και λειτούργησε ως Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου (ΝΠΙΔ) εποπτευόμενο από το υπουργείο Πολιτισμού. Από τις 23 Δεκεμβρίου 2010 (ΦΕΚ 219), το Μουσείο Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης συγχωνεύθηκε με το Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης.
Γενική Διευθύντρια του Φεστιβάλ Κινημα
τογράφου Θεσσαλονίκης - Μουσείου Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης είναι από τον Απρίλιο του 2016 η Ελίζ Ζαλαντό.
Πρώτος διευθυντής του Μουσείου Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης με θητεία έως το 2002 ήταν ο Α. Δερμετζόγλου και πρόεδρος ο Α. Παπαγιαννόπουλος. Στη συνέχεια, διευθυντής διετέλεσε ο Γ. Κατσάγγελος και πρόεδρος ο Τ. Ψαρράς, ενώ από την 1–6-2005 έως τη συγχώνευση του Μουσείου με το Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης τον Δεκέμβριο του 2010, διευθυντής του ήταν ο Β. Κεχαγιάς και πρόεδρος ο Γ. Μυλωνάς. Μέχρι τον Μάρτιο του 2016 γενικός διευθυντής του Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης – Μουσείου Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης ήταν ο Δημήτρης Εϊπίδης.
