Situé en centre ville sur le site de "la Victoire", le Musée d’ethnographie a été créé suite à la fondation de "l’Institut colonial", en 1894, sur la proposition du Professeur A. Le Dantec (médecin de la Marine) et sur l’initiative du Doyen Pitres. Dans sa première phase d’existence, il apparaît sous l’intitulé : "Musée de Pathologie exotique et d’Études coloniales". Mais très rapidement, suite à
l’arrivée massive d’objets ethnographiques, il devient le "Musée ethnographique et colonial" puis le "Musée d’ethnographie et d’études coloniales". La collection tire son origine d’importants dons d’anciens élèves de "l’Ecole principale de Santé de la Marine" qui avaient suivi les cours de la "Faculté de Médecine de Bordeaux", et qui, en poste dans les colonies souhaitaient éclairer leurs cadets sur les mœurs et les us et coutumes de populations encore mal connues. Le Dantec, la réalisation du musée fut l'œuvre de Paul Lemaire alors secrétaire général de la "Faculté de Médecine et Pharmacie", qui en devint ainsi le premier conservateur. La qualité des collections et le succès des présentations permanentes, font reconnaître le Musée par l’Etat. Cette reconnaissance est confirmée par M. Leygues, Ministre de l’Instruction publique et des Beaux-Arts, qui par décret du 19 décembre 1900 décide d’augmenter le fonds par la concession d’importantes collections (notamment asiatiques) jusqu’alors entreposées au Musée du Trocadéro (aujourd’hui Musée de l’Homme) et au Musée Guimet. Cet apport lui permet dès lors d’être le second musée universitaire en France pour les collections d’ethnographie exotique, après bien sûr, le Musée de l’Homme. Lemaire et les aléas de la Grande Guerre réduisent fortement son activité. Peu à peu, les salles d’expositions permanentes sont abandonnées au profit du réaménagement des locaux, elles disparaissent totalement en 1940. Seuls témoins de ce glorieux passé, les vitrines d’exposition installées dans les grandes galeries resteront visibles jusqu'en 1997, au moment où le site est réhabilité, ce qui conduit à leur déménagement dans les réserves. L'entrée est gratuite. Le musée est fermé le week-end et les jours fériés.
