Una ciudad fortificada como Melilla necesitaba unos buenos almacenes donde guardar los productos y materiales para su abastecimiento. Los almacenes de Las Peñuelas se construyeron en 1781 bajo el reinado de Carlos III y el mandato del gobernador Antonio Manso. El aumento de la población a finales del siglo XIX determinó la expansión de la ciudad fuera de las murallas. Se inició la edificación de casas y diferentes obras, unas adosadas a las murallas, otras sobre espacios públicos e incluso sobre edificios ya existentes. Este fue el caso de Las Peñuelas, pues en 1897 se construyó encima de sus bóvedas el teatro Alcántara y una residencia para el gobernador militar. Estos edificios desfiguraban su imagen histórica hasta que en el año 2007 se inició la restauración del edificio, recuperándose la cubierta original y adaptándose el interior al nuevo uso como Museo, inaugurado en marzo de 2011. La recuperación del edificio histórico La Ciudad Autónoma ha querido recuperar la imagen histórica del edificio de las Peñuelas y al mismo tiempo dotarlo de una nueva funcionalidad acorde con su carácter monumental, convirtiéndolo en la sede de los museos de historia, arqueología y etnografía de la ciudad. Las obras comenzaron en el año 2007 por iniciativa de la Consejería de Cultura de la Ciudad Autónoma de Melilla y en colaboración del Ministerio de Cultura, siendo las obras dirigidas por los arquitectos D. La superficie construida en planta baja es de 751,70 m², mientras que en su planta alta es de 1.005,05 m², lo que suma un total de 1.756,75 m². La primera intervención arquitectónica supuso la recuperación del volumen original del edificio, centrada en la cubierta a dos aguas de las bóvedas superiores, y para ello se demolió cuidadosamente el edificio elevado sobre ellas. Por otra parte se ha realizado una interesante actuación recuperando el sentido y volumen de la comunicación o paso que había quedado tapiado desde principios del siglo XX, desescombrando su salida, lo que engrandece su comprensibilidad histórica. A través de este paso se resuelve además el acceso de personas con movilidad reducida a la planta baja a través del aparcamiento de plaza del Veedor. La compleja accesibilidad a la planta alta se ha conseguido solucionar mediante la incorporación de una pasarela liviana de madera volada sobre este patio, desde el vial de acceso. En cuanto al interior, se ha respetado totalmente el volumen de los amplios espacios interiores constituidos por las bóvedas de ladrillo, permitiendo amplias perspectivas de las salas. Los extremos de las naves, han quedado ocupados por los usos complementarios al Museo.
