Esta colección comenzó a gestarse desde la desamortización de 1835 y la posterior creación en 1844 de las Comisiones de Monumentos Histórico-Artísticos. Con su creación como museo en 1867, las colecciones comienzan a crecer de forma siempre progresiva. Desde sus comienzos, este Museo ha contado con diversas sedes, hasta su ubicación en el Palacio renacentista de los Páez de Castillejo. Este edificio es la obra civil más antigua del renacimiento cordobés y uno de los palacios más señeros del casco antiguo de Córdoba. En los años 50 fue restaurado y rehabilitado por el arquitecto Félix Hernández. En ese mismo año, tanto este edificio como sus colecciones, fueron declarados Monumento Histórico Artístico. El palacio, además de presentar una magnífica fachada de piedra con decoración labrada, conserva la estructura del XVI, la escalera principal, artesonados, y algunos elementos anteriores de siglo XV, mudéjares y góticos. En el transcurso del siglo XVII pasó a la familia de los Bañuelos y después a la Casa de Alba, que lo enajenó en el siglo XIX. De los posteriores avatares, cabe reseñar que albergó el primer centro telefónico de Córdoba. Además, el Museo cuenta con el edificio de ampliación anexo al Palacio, que con un lenguaje arquitectónico contemporáneo, ofrece unos espacios museísticos modernos, atractivos y funcionales, que dotan al Museo Arqueológico de Córdoba de los crecientes espacios y servicios que demanda su proyección en la sociedad actual. La ampliación abre sus puertas con una exposición que, bajo el lema: "Córdoba, encuentro de Culturas", ofrece al visitante un recorrido temático por las piezas más significativas de la extraordinaria colección del museo. Y además, le presenta una pieza excepcional, el yacimiento arqueológico del teatro romano de la ciudad, abierto al público en su planta sótano, restaurado, musealizado y accesible.
