Frederikshavn Kunstmuseum & Exlibrissamling viser årligt 6-8 skiftende udstillinger af dansk og international nutidskunst - f.eks. Ligeledes har museet adskillelige gange vist kunstnere med tilknytning til Billedkunstnernes Forbunds nordjyske afdeling. Museet har en stor samling af lokal kunst med hovedvægt på Karl Bovin, en af Danmarks store landskabsmalere. Samlingen rummer pt 120 værker af Karl Bovin, men også værker af bl.a. Poul Sørensen, Eyvind Karup Nielsen, Erik Skjoldborg, Paul Erland og Elisabeth Schou. Museet er hjemsted for Den Dansk Exlibris Fond og er specialmuseum for kunst på papir, bl.a. exlibris (bogejermærker). Museet rummer verdens største samling af exlibris – på linje med British Museum, London, Gutenberg Museum, Mainz i Tyskland eller Yale University i USA. Samlingen omfatter ca. 500.000 originale exlibris, bl.a. fra mange kongehuse, også det danske. Endvidere har museet verdens største specialbibliotek, der omfatter håndbøger, tidsskrifter og kataloger m.v. om exlibris, samt et ret omfattende bibliotek med kunstlitteratur, hvoraf en del er tilgængelig for publikum. Mens samlingerne efter nærmere aftale kan ses af specielt interesserede, viser museet året igennem 10-12 større eller mindre exlibrisudstillinger, baseret på et bestemt tema, en bestemt kunstner eller land eller bestemte teknikker, som f.eks. radering, træsnit, kobberstik eller CAD (computer aided design). Gennem museets samarbejde med bl.a. Malbork (Marienburg) Castle i Polen, vises store internationale bienaler med kunstnere fra hele verden.
