Nejstarší a druhé největší odborné hudebně muzeologické pracoviště v ČR, které shromažďuje, uchovává, eviduje a vědecky zpracovává historické dokumenty k dějinám hudby na Moravě. Založeno roku 1919 bratry Vladimírem a Jaroslavem Helfertovými. Sbírkové fondy Oddělení dějin hudby tvoří hudebniny (rukopisy a tisky, cca 60.000 ks), hudební nástroje (cca 500 ks), libreta (cca 1500 ks), knihy o hudbě (c
ca 15.000 ks), teoretika, písemnosti a korespondence (cca 10.000 ks), koncertní programy a plakáty, obrazové, fotografické, ikonografické materiály aj. Celkem má hudební archiv na 110.000 sbírkových předmětů. Oddělení je dokumentačním centrem pro hudební kulturu 17.-21. Uchovává hudební materiály z kostelů, klášterů a zámků asi 150 lokalit po celé Moravě (např. Brno, Dub nad Moravou, Kroměříž, Mikulov, Náměšť nad Oslavou, Olomouc, Ostrava, Rajhrad, Strážnice, Třebíč, Znojmo, Žďár nad Sázavou aj.). Zcela výjimečnou hodnotu má fond skladatele Leoše Janáčka, především autografy jeho skladeb. Archiv uchovává také autografy skladeb W. Mozarta, A. Salieriho, L. Beethovena, J. Brahmse, A. Dvořáka, Z. Fibicha, J. B. Foerstera, V. Nováka, J. S**a či B. Martinů. Hudební kultura 19. a 20. století je zastoupena cennými hudebními archivy některých moravských institucí (Filharmonický spolek Beseda brněnská, Janáčkovo kvarteto, Klub moravských skladatelů, Moravské kvarteto, brněnská odbočka SČS a SČSKU, Pěvecké sdružení moravských učitelů, Varhanická škola v Brně) a pozůstalostmi řady skladatelů, hudebních interpretů či muzikologů žijících a působících na Moravě (např. skladatelé J. Berg, F. G. Emmert, P. Haas, J. Kaprál, V. Kaprálová, J. Kunc, P. Křížkovský, J. Kvapil, V. Petrželka, J. Podešva, A. Piňos, T. Schaefer, M. Štědroň, A. Tučapský, interpreti B. Bakala, A. Balatka, R. Firkušný, M. Fleischerová, F. Jílek, V. Nosek, F. Vach, z muzikologů V. Bělský, G. Černušák, V. Helfert, R. Pečman, J. Racek, B. Štědroň, T. Straková ad.). Oddělení také vede evidenci všech ostatních důležitých sbírek hudebních pramenů na Moravě a ve Slezsku.
