La casa de las Aulas, una de las construcciones más antiguas de la ciudad, es la actual sede del Museo. Fue realizada a comienzos del siglo XVII por la Compañía de Jesús por el arquitecto Pedro Pérez, y hasta la expulsión de la comunidad en 1767, funcionó como universidad. La edificación vio nacer a la primera Biblioteca Nacional, fue testigo de la proclamación de Antonio Nariño como presidente en
1812 y conoció los padecimientos de Francisco de Paula Santander, quien cumplió allí su condena después de la conspiración de 1828. Fue sede del primer Museo Nacional, hasta que en el año de 1942 se funda el Museo de Arte Colonial. En la actualidad alberga la más completa colección de los objetos cotidianos y artísticos elaborados entre los siglos XVI y XVIII del país abierta al público, con una colección de cerca de 1800 obras entre pintura, escultura, platería, mobiliario y objetos cotidianos, expuestos en varias salas temáticas. En el centro de su patio se encuentra el célebre “Mono de la Pila”, la fuente de la que se abasteció la Ciudad de agua durante más de 300 años, y aún recordada en la memoria colectiva de los bogotanos.