Su arquitectura, imágenes y decoraciones dan cuenta de las dinámicas sociales y culturales de la época colonial. La antigua iglesia de Santa Clara hacía parte del conjunto arquitectónico del convento de clausura de las monjas Clarisas, y fue construida entre 1629 y 1647. Fue fundado bajo el impulso del arzobispo Fernando Arias de Ugarte y estuvo bajo el cuidado de las monjas, y fue vendida por la
misma comunidad en año de 1969 al Estado. Entre los años 1977 y 1983 se emprendió su proceso de restauración, y al finalizar esa etapa, se abre al público convertida en la primera Iglesia Museo del país. El museo conserva la decoración original de la iglesia compuesta por retablos barrocos, pinturas al óleo del siglo XVII y XVIII, imágenes de bulto estofadas y policromadas, pintura mural y celosías mudéjares. En total son más de 140 piezas, sin contar la rica pintura mural y el embovedado, con más de 950 flores de cinco hojas – pentafolias – talladas en madera y recubiertas en laminilla de oro. Es por ello que es considerada una de las más importantes joyas arquitectónicas y artísticas del periodo colonial del país.
