Su misión es "Conocer, difundir y conservar el patrimonio natural de la región", a través de actividades de investigación, educación, difusión y apoyo a la gestión de los bienes naturales". La conservación en colecciones de ejemplares de fauna y flora regionales, tanto vivientes como fósiles, es una de las principales funciones del museo. Además de permitir el estudio específico de los ejemplares conservados, las colecciones permiten detectar cambios en la biodiversidad a lo largo del tiempo, además de estimar los efectos del cambio climático y el impacto de algunas actividades humanas. Nos centramos en contribuir al conocimiento sobre flora, fauna y ecología del río Paraná y sus ambientes asociados. Se desarrollan actividades para que los jóvenes reconozcan la riqueza del patrimonio ambiental de la región, a partir del uso y disfrute del museo. En las exposiciones se pretende resaltar la diversidad y riqueza de los ambientes naturales de la región. En particular, se ha dado preponderancia a aquellos elementos que:
- Son parte de nuestro patrimonio tangible o intangible y aporten a la identidad regional (Ejemplos: fauna típica, restos fósiles locales, materiales arqueológicos locales).
- Son significativos por su representatividad o singularidad (Ejemplos: cavernas, barrancas del río).
- Tienen fuerte relación con la salud de las personas (Ejemplos: animales ponzoñosos, vectores de enfermedades).
- Son un patrimonio del propio Museo y un reconocimiento al trabajo del Padre Scasso (Ejemplos: colecciones de organismos marinos y minerales). En diversas circunstancias, el museo funciona como un ente consultor, ya sea a personas o a instituciones. Se realiza, por ejemplo, la identificación de especies desconocidas o potencialmente peligrosas. Muchas veces, estas consultas aportan novedades importantes a la biodiversidad regional, ya que se trata de nuevas especies o "recién llegados" de otras latitudes.
