Seperti yang digambarkan oleh namanya, museum ini memusatkan diri kepada bangunan-bangunan tinggi sebagai "produk dari teknologi, desain obyek, situs konstruksi, investasi pada bidang real estate, dan sebagai tempat bekerja dan tempat tinggal." Sebelum pindah ke lokasinya sekarang pada tahun 2004, museum ini berpindah-pindah dari satu institusi ke institusi lainnya sejak tahun 1996.Museum Pencakar Langit didirikan oleh Carol Willis; seorang professor dalam bidang sejarah arsitektural dan studi perkotaan di Universitas Columbia.Peristiwa 11 September 2001Lokasi museum ini sangat dekat dengan World Trade Center. Setelah peristiwa Serangan 11 September 2001, museum ini terpaksa tutup sementara waktu karena lokasinya digunakan sebagai pusat informasi darurat. Pada bulan Maret 2004, museum ini dibuka kembali pada lokasi permanennya di Battery Park City. Lokasi yang baru ini didesain oleh Roger Duffy dari Skidmore, Owings & Merrill.Ekshibisi pilihanPada 6 September 2006, museum ini membuka pameran mengenai konstruksi dan sejarah World Trade Center. Pameran ini termasuk di antaranya model arsitektur asli dari World Trade Center.
