Історія створення та перших кроків на шляху становлення і формування фондових колекцій майбутнього Запорізького обласного краєзнавчого музею нерозривно пов’язана з діяльністю видатного українського історика, археолога, етнографа та фольклориста Якова Новицького (1847-1925). У травні 1925 р. при Запорізькому губернському політично-просвітницькому відділі формується екскурсійно-музейна-виставкова секція, яку очолює Яків Новицький.
Перші згадки про музей в якості самостійного закладу датуються груднем 1921 р.
У січні 1922 р. новоутвореному музею надається у користування приміщення Народного дому на Майдані волі у самому центрі тодішнього міста.
У червні 1923 р. в Центральному робітничому клубі, куди було переведено музей з Народного дому, відкривається для відвідувачів перша експозиція.
За неповні 5 років керівництва Я. Новицьким сформовані фондові зібрання: епохи каменю та бронзи, залізний вік, нумізматика. Триває кропіткий процес створення при музеї архівів, історичних документів, періодики та наукової бібліотеки.
У 1930 році Раднарком УСРР приймає рішення про створення у Запоріжжі музею Дніпровського будівництва, який очолює знаний український літератор, поет, музеєзнавець Микола Філянський (1873-1938). Фонди музею поповнюються матеріалами, які були передані з інших музеїв тодішнього СРСР. Росте колекція різночасових старожитностей, застосовуються нові форми експозиційної роботи. У 1937 році М. Філянський з деякими колегами за обвинувачення у контрреволюційній підривній діяльності потрапляють під репресії НКВД. У січні 1938 р. вже колишнього директора музею Філянського було розстріляно у Києві.
Із утворенням 10.01.1939 р. Запорізької області музей набуває статусу обласного краєзнавчого. В 1940 р. структура музею складалася з відділів природознавства, історії та соціалістичного будівництва.
Під час Другої світової війни та нацистської окупації Запоріжжя уся зібрана у попередні роки колекція музею, окрім двох старовинних гармат, була втрачена.
Запорізький обласний краєзнавчий музей відновлює свою роботу у січні 1944 р. на базі Мелітопольського історико-краєзнавчого музею, де перебуває наступні чотири роки.
В 1949-1961 рр. музей двічі змінює місце свого розташування, наново доводиться формувати фондову колекцію, будувати нові експозиції. Зрештою, у 1961 р. обласному краєзнавчому музею надається приміщення двоповерхового особняка – міської садиби дореволюційного фабриканта Якова Бадовського на центральному проспекті Запоріжжя. В «домі Бадовського» музей перебуватиме до 1977 р., коли рішенням облвиконкому у користування одному з провідних закладів культури регіону був переданий будинок колишньої Земської управи (1913-1915) та колишньому місці перебування керівних партійних та радянських органів влади області, пам’ятки історії та архітектури національного значення. Після тривалого процесу реконструкції будівлі та прилаштування її під музейні потреби у 1991 році відвідувачам була представлена перша експозиція.
Нині в Музеї функціонують 25 основних експозицій, активно ведеться виставкова робота; під керівництвом або ж за активної участі співробітників Музею, працюють археологічні експедиції, ведуться етнографічні розвідки. Фондове зібрання налічує понад 120 тисяч одиниць зберігання і є найбільшим в області.
7 квітня 2025 року музей був перейменований на Комунальний заклад «Запорізький обласний історико-краєзнавчий музей ім. Я.П. Новицького» Запорізької обласної ради, згідно Розпорядження голови ЗОДА, начальника ЗОВА Івана Федорова, який підтримав ініціативу колективу закладу щодо перейменування музею на честь першого директора і засновник Я. П. Новицького.
