Se encuentra ubicado en el Palazzo della Crocetta, en la esquina de la plaza Santissima Annunziata con Via della Colonna. Este palacio fue erigido en el año 1620 por Giulio Parigi, para la princesa María Magdalena de Medici, hija de Fernando I de Médici.HistoriaEl museo se inauguró en presencia del rey Víctor Emmanuel II en 1870 en los edificios del Cenacolo di Fuligno en la via Faenza. En aquella
época solo abarcaba hallazgos etruscos y romanos. Conforme crecieron las colecciones, se hizo necesario encontrarle un nuevo lugar, y en el año 1880 el museo pasó a su ubicación actual.La primera base de la colección fueron las colecciones familiares de los Médici y Lorena, con varias transferencias desde los Uffizi hasta 1890 (excepto las colecciones de esculturas de mármol que ya poseían los Uffizi). La sección egipcia se formó en la primera mitad del siglo XVIII con parte de las colecciones de Pedro Leopoldo de Toscana, otra parte proviene de una expedición promovida por el mismo Gran Duque en 1828-29 y dirigida por Ippolito Rosellini y Champollion (el hombre que descifró los jeroglíficos por vez primera). Ya en el siglo XX, se añadió un nuevo museo topográfico sobre los etruscos, pero resultó destruido con las inundaciones de 1966.
